Cafer Höyük, Malatya il merkezinin yaklaşık 40 kilometre kuzeydoğusunda bulunan höyük bugün için Karakaya Barajı suları altında kalmıştır. Bölgenin günümüzde 9 bin yıl önce iskan edildiği düşünülmektedir. Paleolitik Çağ insanlarının, Malatya civarında sık rastlanan mağaralardan çıkıp yabanıl tahıl devşiriciliği ile yerleşik yaşama geçtikleri, ardından da tarıma başladıkları (Neolitik Devrim) anlaşılmaktadır.

Höyük, Bereketli Hilal’in ilk yerleşim yerlerindendir. Bölgede yapılan arkeolojik kazılar sonucu ortaya çıkan buluntulardan hareketle, ilk uygarlığın Fırat ve Dicle arasında kalan Mezopotamya ile sınırlı olmadığı anlaşılmıştır. Cafer Höyük, Milattan Önce 7 binli yıllara tarihlendirilen uygarlık ve kent oluşumları kalıntıları bakımından bu görüşü desteklemektedir. Cafer Höyük, Anadolu’nun Neolitik Çağına ışık tutan önemli bir ören yeridir.

Cafer Höyük, kent yerleşmesi bakımından Anadolu’nun ilk kentsel yerleşimlerindendir. Battalgazi ilçesi Cafer Köyü sınırlarında bulunan höyük, Karakaya Baraj Gölünün altında kalmıştır. Höyükte yapılan kurtarma kazılarında höyüğün erken dönemlerine ait tabakalarda çok odalı hücre planlı veya tek odalı dikdörtgen planlı evler ve taş-çakıl temeller üzerine kerpiçten çok odalı yapılar bulunmuştur.