1986 yılında kurulmuş olan malatya fen lisesi daha önce veterinerlik okulu olarak kullanılmış olan binalarda eğitim vermeye başladı. o binalar, kuruluş dönemlerinde inönü üniversitesi'nin binası olarak da iş görmüşlerdi. '86 yılından itibaren eğitim vermeye başlayan fen lisesi malatya'nın karakavak mevkiindeydi. daha sonraları malatyalı iş insanı erman ılıcak tarafından yaptırılan şimdiki kampüsüne taşındı.
